Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa trước đây có tên là Ban Quản lý dự án cải thiện vệ sinh môi trường thành phố Nha Trang được thành lập theo Quyết định số 608/QĐ-UBND ngày 07/4/2006 của UBND tỉnh Khánh Hòa, thực hiện theo quy định của Luật Xây dựng năm 2014, Nghị định 59/2015/NĐCP ngày 18/6/2015 của Chính phủ về quản lý dự án đầu tư xây dựng. Năm 2015, UBND tỉnh đã ban hành Quyết định số 2303/QĐ-UBND ngày 21/8/2015 về việc điều chỉnh chức năng, nhiệm vụ và đổi tên Ban Quản lý dự án cải thiện vệ sinh môi trường thành phố Nha Trang thành Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa.
Năm 2022, Ban Quản lý dự án Đầu tư xây dựng các công trình Dân dụng và công nghiệp tỉnh Khánh Hòa sáp nhập vào Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa theo Quyết định số 2693/QĐ-UBND ngày 28/9/2022 của UBND tỉnh Khánh Hòa về việc sáp nhập Ban Quản lý dự án Đầu tư xây dựng các công trình Dân dụng và công nghiệp tỉnh Khánh Hòa vào Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa và kiện toàn tổ chức. Ngoài ra, thực hiện Quyết định số 774/QĐ-UBND ngày 06/4/2023 của UBND tỉnh Khánh Hòa, một số nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Quản lý Khu du lịch Bán đảo Cam Ranh được chuyển giao cho Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa.
Ngày 21/9/2023, UBND tỉnh Khánh Hòa đã ban hành Quyết định số 2242/QĐ-UBND về việc phê duyệt Quy chế tổ chức hoạt động của Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa; Quyết định số 2243/QĐ-UBND về việc phê duyệt Đề án tự chủ của Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa.
Năm 2025, UBND tỉnh Khánh Hòa đã ban hành các quyết định: Quyết định số 153/QĐUBND ngày 17/01/2025 về việc sắp xếp cơ cấu tổ chức Ban QLDA Phát triển tỉnh Khánh Hòa; Quyết định số 501/QĐ-UBND ngày 20/02/2025 về việc sửa đổi, điều chỉnh nội dung Quyết định số 2693/QĐ-UBND ngày 28/9/2022 của UBND tỉnh về việc sáp nhập Ban Quản lý dự án Đầu tư xây dựng các công trình Dân dụng và Công nghiệp tỉnh Khánh Hòa vào Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa và kiện toàn tổ chức; Quyết định số 502/QĐUBND ngày 20/02/2025 về việc sửa đổi, điều chỉnh nội dung Quy chế tổ chức và hoạt động của Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa phê duyệt theo Quyết định số 2242/QĐ-UBND ngày 21/9/2023 của Ủy ban nhân dân tỉnh; Quyết định số 503/QĐ-UBND ngày 20/02/2025 về việc sửa đổi, điều chỉnh nội dung Đề án tự chủ của Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa phê duyệt theo Quyết định số 2243/QĐ-UBND ngày 21/9/2023 của Ủy ban nhân dân tỉnh.
Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh, hoạt động theo cơ chế tự chủ về tài chính theo quy định tại Nghị định 60/2021/NĐ-CP ngày 21/6/2021 của Chính phủ.
Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho Bạc Nhà nước và Ngân hàng Thương mại để giao dịch theo quy định của pháp luật.
Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa thực hiện chức năng chủ đầu tư đối với các dự án do Ủy ban nhân dân tỉnh giao làm chủ đầu tư, quản lý các dự án được giao làm chủ đầu tư đối với các dự án đầu tư xây dựng chuyên ngành dân dụng và công nghiệp, hạ tầng kỹ thuật, dự án khu vực sử dụng vốn ngân sách, vốn nhà nước ngoài ngân sách, vốn ODA theo Luật Xây dựng, Nghị định số 175/2024/NĐ-CP ngày 30/12/2024 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Xây dựng về quản lý hoạt động xây dựng; đại diện chủ đầu tư thực hiện quản lý dự án đầu tư theo ủy thác khi được cấp thẩm quyền giao. Ban Quản lý dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa thực hiện các dịch vụ tư vấn quản lý dự án về đầu tư và xây dựng công trình, tư vấn giám sát, tư vấn thẩm tra, tư vấn hỗ trợ kỹ thuật, tư vấn đấu thầu và các dịch vụ tư vấn khác theo quy định của pháp luật.
Cơ cấu tổ chức:
Lãnh đạo Ban: 04 người (Giám đốc, 03 Phó Giám đốc).
05 phòng chuyên môn, nghiệp vụ gồm:
+ Phòng Hành chính tổng hợp
+ Phòng Tài chính kế toán
+ Phòng Quản lý dự án 1
+ Phòng Quản lý dự án 2
+ Phòng Quản lý dự án 3